柠檬的栽培品种有几十种。主要品种有尤力克、菲诺、维尔拉、印度大果、维拉法兰卡、里斯本、热那亚、北京柠檬、改良北京柠檬、费米奈劳等。主要品种介绍如下:
Eureka（尤力克）
又称油力克、油利加，原产美国，是目前世界上栽培最广泛的品种，果实椭圆形至倒卵形，果实中大，单果重90~160g长椭圆形，顶部有乳头状凸起，基部钝圆，有放射状沟纹。果皮淡黄色，油胞大，正常管理水平下表现皮薄，少核。
Fino（菲诺）
又称mesero或primofiori，起源于西班牙，澳大利亚主栽品种。果实大小适中，球形或椭圆形，色泽呈浅黄色或黄色，皮薄且光滑，高酸。
Verna（维尔拉）
西班牙晚熟品种，少刺，果大，少核，椭圆形。果颈突出，果面黄色，果皮质地粗糙，果肉细嫩。
Inerdonato（印度大果）
柠檬和圆佛手柑的杂种，土耳其的主栽及主要出口品种。果实椭圆形至圆形，果面光滑、皮薄，平均单果重108g，成熟时色泽黄绿色。
Villafranca（维拉法兰卡）
原产意大利西西里岛，中国引自意大利、广东、四川、浙江等省有试种。果实椭圆形，单果重140g左右，少核，果顶部乳突明显，果皮浅黄色，较光滑，果肉柔软多汁，味酸，香气浓，品质佳。
Lisbon（里斯本）
葡萄牙品种，果顶有较长的乳头状凸尖且常稍向一侧弯斜，果皮较光滑，果基也有较明显的颈部，果肉酸味甚浓。
Genoa（热那亚）
起源于意大利热那亚地区，果皮光滑且薄，果形与优力克相比更圆、果颈更短，柠檬酸含量、出汁率、果皮厚度与优力克相当。
Meyer（北京柠檬）
又称香柠檬、美华柠檬，柠檬和橙或者柠檬和宽皮柑的杂种，1908年在北京近郊发现，带回美国继续选育而成。其酸低，略带苦味，内部结构柔软，抗性特佳，耐热耐寒，果皮薄多汁不耐运贮。
Improvedmeyer（改良北京柠檬）
为柠檬和橘或者柠檬和宽皮柑的天然杂交种，属于低酸型品种，也为观赏类主要品种。圆形、皮薄、多汁、少核、丰产，全年均可结实，不易落果，较耐寒，成熟采收时果皮深黄色，田间栽培土壤保持要求适宜的含水量，不能积水，适时修剪旺长枝，减少养分的消耗。
Femninello（费米奈劳）
意大利主栽品种，果实中等大小，果形椭圆或有长短不等的短颈的椭圆形，果皮厚，表面油胞下陷，成熟时果色呈黄色，少核至无核，多汁，高酸。
抗寒柠檬新品种"湘柠檬1号"
