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1、生活习性不同
皖鱼：栖息于平原地区的江河湖泊，一般喜居于水的中下层和近岸多水草区域。性活泼，游泳迅速，常成群觅食。草鱼幼鱼期则食幼虫，藻类等，草鱼也吃一些荤食，如蚯蚓，蜻蜓等。在干流或湖泊的深水处越冬。生殖季节亲鱼有溯游习性。
鲤鱼：鲤鱼鳞大，上腭两侧各有二须，单独或成小群地生活于平静且水草丛生的泥底的池塘、湖泊、河流中。在水域不大的地方有洄游的习性。
2、形态特征不同
皖鱼：体长为体高的3.4～4.0倍，为头长的3.6～4.3倍，为尾柄长的7.3～9.5倍，为尾柄高的6.8～8.8倍。体长形，吻略钝，下咽齿2行，呈梳形。背鳍无硬刺，外缘平直，位于腹鳍的上方，起点至尾鳍基的距离较至吻端为近。鳃耙短小，数少。体呈茶黄色，腹部灰白色，体侧鳞片边缘灰黑色，胸鳍、腹鳍灰黄色，其它鳍浅色。
鲤鱼：身体侧扁而腹部圆，口呈马蹄形，须2对。背鳍基部较长，背鳍和臀鳍均有一根粗壮带锯齿的硬棘。体侧金黄色，尾鳍下叶橙红色。
